Levchenko2000_MAPK_Scaffold

  public model
Short description

MAPK cascade on a scaffold

Citation
Levchenko, A., Bruck, J., Sternberg, P.W. (2000) .Scaffold proteins may biphasically affect the levels of mitogen-activated protein kinase signaling and reduce its threshold properties. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(11):5818-5823. http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/97/11/5818
Description
This model describes a basic 3-stage Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK). Kinases in solution are written as K[3,J], K[2,J], K[1,J] for MAPKKK, MAPKK, and MAPK, respectively, J indicates the phosphorylation level, J=0,1 for K3 and J=0,1,2 for K2 and K1. Scaffolds have three slots, for MAPK, MAPKK, and MAPKKK, respectively. Bound and free scaffold are denoted as S[i,j,k], where i, j, and k indicate the binding of K[1,i], K[2,j] and K[3,k] in their respective slots. Here i,j=-1,0,1,or,2 and k=-1,0,or,1. A value of -1 means the slot is empty, 0 means the unphorphorylated kinase is bound, 1 means the singly phosphorylated kinase is bound, and 2 means the doubly phosphorylated kinase is bound. Thus S[1,-1,2] is a scaffold with K[3,1] bound in the first slot and K[1,2] in the third slot, while the second slot is empty.Note: Indices X[I,J,K] are translated into the unindexed variable X_I_J_K and so forth in the SBML. Negative indices are translated as mI, etc, thus S[1,-1,2] becomes S_1_m1_2.
Rate constant       Reaction
a10 = 5. MAPKP + K[1, 2] -> K_MAPKP[1, 2]
a1 = 1. RAFK + K[3, 0] -> K_RAFK[3, 0]
a2 = 0.5 RAFP + K[3, 1] -> K_RAFP[3, 1]
a3 = 3.3 K[2, 0] + K[3, 1] -> K_K[2, 0, 3,  1]
a4 = 10. MEKP + K[2, 1] -> K_MEKP[2, 1]
a5 = 3.3 K[2, 1] + K[3, 1] -> K_K[2, 1, 3,  1]
a6 = 10. MEKP + K[2, 2] -> K_MEKP[2, 2]
a7 = 20. K[1, 0] + K[2, 2] -> K_K[1, 0, 2,  2]
a8 = 5. MAPKP + K[1, 1] -> K_MAPKP[1, 1]
a9 = 20. K[1, 1] + K[2, 2] -> K_K[1, 1, 2,  2]
d10 = 0.4 K_MAPKP[1, 2] -> MAPKP + K[1, 2]
d1 = 0.4 K_RAFK[3, 0] -> RAFK + K[3, 0]
d1a = 0 S_RAFK[0, 0, 0] -> RAFK + S[0, 0, 0]
d1a = 0 S_RAFK[0, -1, 0] -> RAFK + S[0, -1,  0]
d1a = 0 S_RAFK[0, 1, 0] -> RAFK + S[0, 1, 0]
d1a = 0 S_RAFK[0, 2, 0] -> RAFK + S[0, 2, 0]
d1a = 0 S_RAFK[-1, 0, 0] -> RAFK + S[-1, 0,  0]
d1a = 0 S_RAFK[1, 0, 0] -> RAFK + S[1, 0, 0]
d1a = 0 S_RAFK[-1, -1, 0] -> RAFK + S[-1, -1,  0]
d1a = 0 S_RAFK[-1, 1, 0] -> RAFK + S[-1, 1,  0]
d1a = 0 S_RAFK[1, -1, 0] -> RAFK + S[1, -1,  0]
d1a = 0 S_RAFK[1, 1, 0] -> RAFK + S[1, 1, 0]
d1a = 0 S_RAFK[-1, 2, 0] -> RAFK + S[-1, 2,  0]
d1a = 0 S_RAFK[1, 2, 0] -> RAFK + S[1, 2, 0]
d1a = 0 S_RAFK[2, 0, 0] -> RAFK + S[2, 0, 0]
d1a = 0 S_RAFK[2, -1, 0] -> RAFK + S[2, -1,  0]
d1a = 0 S_RAFK[2, 1, 0] -> RAFK + S[2, 1, 0]
d1a = 0 S_RAFK[2, 2, 0] -> RAFK + S[2, 2, 0]
d2 = 0.5 K_RAFP[3, 1] -> RAFP + K[3, 1]
d3 = 0.42 K_K[2, 0, 3, 1] -> K[2, 0] + K[3,  1]
d4 = 0.8 K_MEKP[2, 1] -> MEKP + K[2, 1]
d5 = 0.4 K_K[2, 1, 3, 1] -> K[2, 1] + K[3,  1]
d6 = 0.8 K_MEKP[2, 2] -> MEKP + K[2, 2]
d7 = 0.6 K_K[1, 0, 2, 2] -> K[1, 0] + K[2,  2]
d8 = 0.4 K_MAPKP[1, 1] -> MAPKP + K[1, 1]
d9 = 0.6 K_K[1, 1, 2, 2] -> K[1, 1] + K[2,  2]
k10 = 0.1 K_MAPKP[1, 2] -> MAPKP + K[1, 1]
k1 = 0.1 K_RAFK[3, 0] -> RAFK + K[3, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[0, 0, 0] -> RAFK + S[0, 0, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[0, -1, 0] -> RAFK + S[0, -1,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[0, 1, 0] -> RAFK + S[0, 1, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[0, 2, 0] -> RAFK + S[0, 2, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[-1, 0, 0] -> RAFK + S[-1, 0,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[1, 0, 0] -> RAFK + S[1, 0, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[-1, -1, 0] -> RAFK + S[-1, -1,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[-1, 1, 0] -> RAFK + S[-1, 1,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[1, -1, 0] -> RAFK + S[1, -1,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[1, 1, 0] -> RAFK + S[1, 1, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[-1, 2, 0] -> RAFK + S[-1, 2,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[1, 2, 0] -> RAFK + S[1, 2, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[2, 0, 0] -> RAFK + S[2, 0, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[2, -1, 0] -> RAFK + S[2, -1,  1]
k1 = 0.1 S_RAFK[2, 1, 0] -> RAFK + S[2, 1, 1]
k1 = 0.1 S_RAFK[2, 2, 0] -> RAFK + S[2, 2, 1]
k1a = 100 RAFK + S[0, 0, 0] -> S_RAFK[0, 0, 0]
k1a = 100 RAFK + S[0, -1, 0] -> S_RAFK[0, -1,  0]
k1a = 100 RAFK + S[0, 1, 0] -> S_RAFK[0, 1, 0]
k1a = 100 RAFK + S[0, 2, 0] -> S_RAFK[0, 2, 0]
k1a = 100 RAFK + S[-1, 0, 0] -> S_RAFK[-1, 0,  0]
k1a = 100 RAFK + S[1, 0, 0] -> S_RAFK[1, 0, 0]
k1a = 100 RAFK + S[-1, -1, 0] -> S_RAFK[-1, -1,  0]
k1a = 100 RAFK + S[-1, 1, 0] -> S_RAFK[-1, 1,  0]
k1a = 100 RAFK + S[1, -1, 0] -> S_RAFK[1, -1,  0]
k1a = 100 RAFK + S[1, 1, 0] -> S_RAFK[1, 1, 0]
k1a = 100 RAFK + S[-1, 2, 0] -> S_RAFK[-1, 2,  0]
k1a = 100 RAFK + S[1, 2, 0] -> S_RAFK[1, 2, 0]
k1a = 100 RAFK + S[2, 0, 0] -> S_RAFK[2, 0, 0]
k1a = 100 RAFK + S[2, -1, 0] -> S_RAFK[2, -1,  0]
k1a = 100 RAFK + S[2, 1, 0] -> S_RAFK[2, 1, 0]
k1a = 100 RAFK + S[2, 2, 0] -> S_RAFK[2, 2, 0]
k2 = 0.1 K_RAFP[3, 1] -> RAFP + K[3, 0]
k3 = 0.1 K_K[2, 0, 3, 1] -> K[2, 1] + K[3,  1]
k3 = 0.1 S[0, 0, 1] -> S[0, 1, 1]
k3 = 0.1 S[-1, 0, 1] -> S[-1, 1, 1]
k3 = 0.1 S[1, 0, 1] -> S[1, 1, 1]
k3 = 0.1 S[2, 0, 1] -> S[2, 1, 1]
k4 = 0.1 K_MEKP[2, 1] -> MEKP + K[2, 0]
k5 = 0.1 K_K[2, 1, 3, 1] -> K[2, 2] + K[3,  1]
k5a = 0.1 S[0, 1, 1] -> S[0, 2, 1]
k5a = 0.1 S[-1, 1, 1] -> S[-1, 2, 1]
k5a = 0.1 S[1, 1, 1] -> S[1, 2, 1]
k5a = 0.1 S[2, 1, 1] -> S[2, 2, 1]
k6 = 0.1 K_MEKP[2, 2] -> MEKP + K[2, 1]
k7 = 0.1 K_K[1, 0, 2, 2] -> K[1, 1] + K[2,  2]
k7 = 0.1 S[0, 2, 0] -> S[1, 2, 0]
k7 = 0.1 S[0, 2, -1] -> S[1, 2, -1]
k7 = 0.1 S[0, 2, 1] -> S[1, 2, 1]
k8 = 0.1 K_MAPKP[1, 1] -> MAPKP + K[1, 0]
k9 = 0.1 K_K[1, 1, 2, 2] -> K[1, 2] + K[2,  2]
k9a = 0.1 S[1, 2, 0] -> S[2, 2, 0]
k9a = 0.1 S[1, 2, -1] -> S[2, 2, -1]
k9a = 0.1 S[1, 2, 1] -> S[2, 2, 1]
koff = 0.5 S[0, 0, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 0,  0]
koff = 0.5 S[0, 0, 0] -> K[2, 0] + S[0, -1,  0]
koff = 0.5 S[0, 0, 0] -> K[3, 0] + S[0, 0,  -1]
koff = 0.5 S[0, 0, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 0,  -1]
koff = 0.5 S[0, 0, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 0,  1]
koff = 0.5 S[0, 0, -1] -> K[2, 0] + S[0, -1,  -1]
koff = 0.5 S[0, 0, 1] -> K[2, 0] + S[0, -1,  1]
koff = 0.5 S[0, -1, 0] -> K[1, 0] + S[-1, -1,  0]
koff = 0.5 S[0, 1, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 1,  0]
koff = 0.5 S[0, -1, 0] -> K[3, 0] + S[0, -1,  -1]
koff = 0.5 S[0, 1, 0] -> K[3, 0] + S[0, 1,  -1]
koff = 0.5 S[0, -1, -1] -> K[1, 0] + S[-1, -1,  -1]
koff = 0.5 S[0, -1, 1] -> K[1, 0] + S[-1, -1,  1]
koff = 0.5 S[0, 1, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 1,  -1]
koff = 0.5 S[0, 1, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 1,  1]
koff = 0.5 S[0, 2, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 2,  0]
koff = 0.5 S[0, 2, 0] -> K[3, 0] + S[0, 2,  -1]
koff = 0.5 S[0, 2, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 2,  -1]
koff = 0.5 S[0, 2, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 2,  1]
koff = 0.5 S[-1, 0, 0] -> K[2, 0] + S[-1, -1,  0]
koff = 0.5 S[1, 0, 0] -> K[2, 0] + S[1, -1,  0]
koff = 0.5 S[-1, 0, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 0,  -1]
koff = 0.5 S[1, 0, 0] -> K[3, 0] + S[1, 0,  -1]
koff = 0.5 S[-1, 0, -1] -> K[2, 0] + S[-1, -1,  -1]
koff = 0.5 S[-1, 0, 1] -> K[2, 0] + S[-1, -1,  1]
koff = 0.5 S[1, 0, -1] -> K[2, 0] + S[1, -1,  -1]
koff = 0.5 S[1, 0, 1] -> K[2, 0] + S[1, -1,  1]
koff = 0.5 S[-1, -1, 0] -> K[3, 0] + S[-1, -1,  -1]
koff = 0.5 S[-1, 1, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 1,  -1]
koff = 0.5 S[1, -1, 0] -> K[3, 0] + S[1, -1,  -1]
koff = 0.5 S[1, 1, 0] -> K[3, 0] + S[1, 1,  -1]
koff = 0.5 S[-1, 2, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 2,  -1]
koff = 0.5 S[1, 2, 0] -> K[3, 0] + S[1, 2,  -1]
koff = 0.5 S[2, 0, 0] -> K[2, 0] + S[2, -1,  0]
koff = 0.5 S[2, 0, 0] -> K[3, 0] + S[2, 0,  -1]
koff = 0.5 S[2, 0, -1] -> K[2, 0] + S[2, -1,  -1]
koff = 0.5 S[2, 0, 1] -> K[2, 0] + S[2, -1,  1]
koff = 0.5 S[2, -1, 0] -> K[3, 0] + S[2, -1,  -1]
koff = 0.5 S[2, 1, 0] -> K[3, 0] + S[2, 1,  -1]
koff = 0.5 S[2, 2, 0] -> K[3, 0] + S[2, 2,  -1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 0, 0] -> S[0, 0,  0]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 0, -1] -> S[0, 0,  -1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 0, 1] -> S[0, 0,  1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, -1, 0] -> S[0, -1,  0]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 1, 0] -> S[0, 1,  0]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[0, -1,  -1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, -1, 1] -> S[0, -1,  1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 1, -1] -> S[0, 1,  -1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 1, 1] -> S[0, 1,  1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 2, 0] -> S[0, 2,  0]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 2, -1] -> S[0, 2,  -1]
kon = 10 K[1, 0] + S[-1, 2, 1] -> S[0, 2,  1]
kon = 10 K[2, 0] + S[0, -1, 0] -> S[0, 0,  0]
kon = 10 K[2, 0] + S[0, -1, -1] -> S[0, 0,  -1]
kon = 10 K[2, 0] + S[0, -1, 1] -> S[0, 0,  1]
kon = 10 K[2, 0] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 0,  0]
kon = 10 K[2, 0] + S[1, -1, 0] -> S[1, 0,  0]
kon = 10 K[2, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 0,  -1]
kon = 10 K[2, 0] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 0,  1]
kon = 10 K[2, 0] + S[1, -1, -1] -> S[1, 0,  -1]
kon = 10 K[2, 0] + S[1, -1, 1] -> S[1, 0,  1]
kon = 10 K[2, 0] + S[2, -1, 0] -> S[2, 0,  0]
kon = 10 K[2, 0] + S[2, -1, -1] -> S[2, 0,  -1]
kon = 10 K[2, 0] + S[2, -1, 1] -> S[2, 0,  1]
kon = 10 K[3, 0] + S[0, 0, -1] -> S[0, 0,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[0, -1, -1] -> S[0, -1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[0, 1, -1] -> S[0, 1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[0, 2, -1] -> S[0, 2,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[-1, 0, -1] -> S[-1, 0,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[1, 0, -1] -> S[1, 0,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, -1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[-1, 1, -1] -> S[-1, 1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[1, -1, -1] -> S[1, -1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[1, 1, -1] -> S[1, 1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[-1, 2, -1] -> S[-1, 2,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[1, 2, -1] -> S[1, 2,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[2, 0, -1] -> S[2, 0,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[2, -1, -1] -> S[2, -1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[2, 1, -1] -> S[2, 1,  0]
kon = 10 K[3, 0] + S[2, 2, -1] -> S[2, 2,  0]
kpoff = 0.05 S[0, 0, 1] -> K[3, 1] + S[0, 0,  -1]
kpoff = 0.05 S[0, 1, 0] -> K[2, 1] + S[0, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[0, 1, -1] -> K[2, 1] + S[0, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[0, 1, 1] -> K[2, 1] + S[0, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[0, -1, 1] -> K[3, 1] + S[0, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[0, 1, 1] -> K[3, 1] + S[0, 1,  -1]
kpoff = 0.05 S[0, 2, 0] -> K[2, 2] + S[0, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[0, 2, -1] -> K[2, 2] + S[0, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[0, 2, 1] -> K[2, 2] + S[0, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[0, 2, 1] -> K[3, 1] + S[0, 2,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 0, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 0,  0]
kpoff = 0.05 S[1, 0, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 0,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 0, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 0,  1]
kpoff = 0.05 S[-1, 0, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 0,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 0, 1] -> K[3, 1] + S[1, 0,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, -1, 0] -> K[1, 1] + S[-1, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[1, 1, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 1,  0]
kpoff = 0.05 S[-1, 1, 0] -> K[2, 1] + S[-1, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[1, 1, 0] -> K[2, 1] + S[1, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[1, -1, -1] -> K[1, 1] + S[-1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, -1, 1] -> K[1, 1] + S[-1, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[1, 1, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 1, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 1,  1]
kpoff = 0.05 S[-1, 1, -1] -> K[2, 1] + S[-1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[-1, 1, 1] -> K[2, 1] + S[-1, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[1, 1, -1] -> K[2, 1] + S[1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 1, 1] -> K[2, 1] + S[1, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[-1, -1, 1] -> K[3, 1] + S[-1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[-1, 1, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, -1, 1] -> K[3, 1] + S[1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 1, 1] -> K[3, 1] + S[1, 1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 2, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 2,  0]
kpoff = 0.05 S[-1, 2, 0] -> K[2, 2] + S[-1, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[1, 2, 0] -> K[2, 2] + S[1, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[1, 2, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 2,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 2, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 2,  1]
kpoff = 0.05 S[-1, 2, -1] -> K[2, 2] + S[-1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[-1, 2, 1] -> K[2, 2] + S[-1, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[1, 2, -1] -> K[2, 2] + S[1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 2, 1] -> K[2, 2] + S[1, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[-1, 2, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 2,  -1]
kpoff = 0.05 S[1, 2, 1] -> K[3, 1] + S[1, 2,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 0, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 0,  0]
kpoff = 0.05 S[2, 0, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 0,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 0, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 0,  1]
kpoff = 0.05 S[2, 0, 1] -> K[3, 1] + S[2, 0,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, -1, 0] -> K[1, 2] + S[-1, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[2, 1, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 1,  0]
kpoff = 0.05 S[2, 1, 0] -> K[2, 1] + S[2, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[2, -1, -1] -> K[1, 2] + S[-1, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, -1, 1] -> K[1, 2] + S[-1, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[2, 1, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 1,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 1, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 1,  1]
kpoff = 0.05 S[2, 1, -1] -> K[2, 1] + S[2, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 1, 1] -> K[2, 1] + S[2, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[2, -1, 1] -> K[3, 1] + S[2, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 1, 1] -> K[3, 1] + S[2, 1,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 2, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 2,  0]
kpoff = 0.05 S[2, 2, 0] -> K[2, 2] + S[2, -1,  0]
kpoff = 0.05 S[2, 2, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 2,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 2, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 2,  1]
kpoff = 0.05 S[2, 2, -1] -> K[2, 2] + S[2, -1,  -1]
kpoff = 0.05 S[2, 2, 1] -> K[2, 2] + S[2, -1,  1]
kpoff = 0.05 S[2, 2, 1] -> K[3, 1] + S[2, 2,  -1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 0, 0] -> S[1, 0,  0]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 0, -1] -> S[1, 0,  -1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 0, 1] -> S[1, 0,  1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, -1, 0] -> S[1, -1,  0]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 1, 0] -> S[1, 1,  0]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[1, -1,  -1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, -1, 1] -> S[1, -1,  1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 1, -1] -> S[1, 1,  -1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 1, 1] -> S[1, 1,  1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 2, 0] -> S[1, 2,  0]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 2, -1] -> S[1, 2,  -1]
kpon = 0 K[1, 1] + S[-1, 2, 1] -> S[1, 2,  1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 0, 0] -> S[2, 0,  0]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 0, -1] -> S[2, 0,  -1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 0, 1] -> S[2, 0,  1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, -1, 0] -> S[2, -1,  0]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 1, 0] -> S[2, 1,  0]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, -1, -1] -> S[2, -1,  -1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, -1, 1] -> S[2, -1,  1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 1, -1] -> S[2, 1,  -1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 1, 1] -> S[2, 1,  1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 2, 0] -> S[2, 2,  0]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 2, -1] -> S[2, 2,  -1]
kpon = 0 K[1, 2] + S[-1, 2, 1] -> S[2, 2,  1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[0, -1, 0] -> S[0, 1,  0]
kpon = 0 K[2, 1] + S[0, -1, -1] -> S[0, 1,  -1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[0, -1, 1] -> S[0, 1,  1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 1,  0]
kpon = 0 K[2, 1] + S[1, -1, 0] -> S[1, 1,  0]
kpon = 0 K[2, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 1,  -1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 1,  1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[1, -1, -1] -> S[1, 1,  -1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[1, -1, 1] -> S[1, 1,  1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[2, -1, 0] -> S[2, 1,  0]
kpon = 0 K[2, 1] + S[2, -1, -1] -> S[2, 1,  -1]
kpon = 0 K[2, 1] + S[2, -1, 1] -> S[2, 1,  1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[0, -1, 0] -> S[0, 2,  0]
kpon = 0 K[2, 2] + S[0, -1, -1] -> S[0, 2,  -1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[0, -1, 1] -> S[0, 2,  1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 2,  0]
kpon = 0 K[2, 2] + S[1, -1, 0] -> S[1, 2,  0]
kpon = 0 K[2, 2] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 2,  -1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 2,  1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[1, -1, -1] -> S[1, 2,  -1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[1, -1, 1] -> S[1, 2,  1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[2, -1, 0] -> S[2, 2,  0]
kpon = 0 K[2, 2] + S[2, -1, -1] -> S[2, 2,  -1]
kpon = 0 K[2, 2] + S[2, -1, 1] -> S[2, 2,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[0, 0, -1] -> S[0, 0,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[0, -1, -1] -> S[0, -1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[0, 1, -1] -> S[0, 1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[0, 2, -1] -> S[0, 2,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[-1, 0, -1] -> S[-1, 0,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[1, 0, -1] -> S[1, 0,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, -1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[-1, 1, -1] -> S[-1, 1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[1, -1, -1] -> S[1, -1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[1, 1, -1] -> S[1, 1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[-1, 2, -1] -> S[-1, 2,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[1, 2, -1] -> S[1, 2,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[2, 0, -1] -> S[2, 0,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[2, -1, -1] -> S[2, -1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[2, 1, -1] -> S[2, 1,  1]
kpon = 0 K[3, 1] + S[2, 2, -1] -> S[2, 2,  1]
Variable IC   ODE
MAPKP 0.3 MAPKP'[t] == -(a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t]) - a10*MAPKP[ t]*K[1, 2][t] + d8*K_MAPKP[1, 1][t] + k8*K_MAPKP[ 1, 1][t] + d10*K_MAPKP[1, 2][t] + k10*K_MAPKP[1,  2][t]
MEKP 0.2 MEKP'[t] == -(a4*MEKP[t]*K[2, 1][t]) - a6*MEKP[t]* K[2, 2][t] + d4*K_MEKP[2, 1][t] + k4*K_MEKP[2,  1][t] + d6*K_MEKP[2, 2][t] + k6*K_MEKP[2, 2] [t]
RAFK 0.1 RAFK'[t] == -(a1*RAFK[t]*K[3, 0][t]) + d1*K_RAFK[3,  0][t] + k1*K_RAFK[3, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1,  -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 0, 0][t] -  k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 2,  0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, -1, 0][t] - k1a* RAFK[t]*S[0, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 1, 0][t]  - k1a*RAFK[t]*S[0, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1,  -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, 0, 0][t] -  k1a*RAFK[t]*S[1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, 2,  0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, -1, 0][t] - k1a* RAFK[t]*S[2, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, 1, 0][t]  - k1a*RAFK[t]*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1,  -1, 0][t] + k1*S_RAFK[-1, -1, 0][t] +  d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[-1, 0,  0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[ -1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 2, 0][t] +  k1*S_RAFK[-1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[0, -1,  0][t] + k1*S_RAFK[0, -1, 0][t] + d1a*S_RAFK[ 0, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 0, 0][t] +  d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 1, 0][ t] + d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 2,  0][t] + d1a*S_RAFK[1, -1, 0][t] + k1*S_RAFK[ 1, -1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t] +  k1*S_RAFK[1, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 1, 0][ t] + k1*S_RAFK[1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 2,  0][t] + k1*S_RAFK[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[ 2, -1, 0][t] + k1*S_RAFK[2, -1, 0][t] +  d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[2, 0, 0][ t] + d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[2, 1,  0][t] + d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t] + k1*S_RAFK[ 2, 2, 0][t]
RAFP 0.3 RAFP'[t] == -(a2*RAFP[t]*K[3, 1][t]) + d2*K_RAFP[3,  1][t] + k2*K_RAFP[3, 1][t]
K[1, 0] 0.4 (K[1, 0])'[t] == -(a7*K[1, 0][t]*K[2, 2][t]) +  d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] + k8*K_MAPKP[1, 1][t]  - kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1,  -1, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, -1][t]  - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, 0][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, 0, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1,  1, -1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, 0][t]  - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, 1][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1,  2, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, 1][t]  + koff*S[0, -1, -1][t] + koff*S[0, -1,  0][t] + koff*S[0, -1, 1][t] + koff*S[0,  0, -1][t] + koff*S[0, 0, 0][t] + koff* S[0, 0, 1][t] + koff*S[0, 1, -1][t] +  koff*S[0, 1, 0][t] + koff*S[0, 1, 1][t]  + koff*S[0, 2, -1][t] + koff*S[0, 2, 0] [t] + koff*S[0, 2, 1][t]
K[1, 1] 0 (K[1, 1])'[t] == -(a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t]) -  a9*K[1, 1][t]*K[2, 2][t] + k7*K_K[1, 0, 2,  2][t] + d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + d8* K_MAPKP[1, 1][t] + k10*K_MAPKP[1, 2][t] - kpon*K[ 1, 1][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  -1, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, 1][t]  - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[ 1, 1][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  0, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, -1][t]  - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, 0][t] - kpon*K[1,  1][t]*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  2, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, 0][t]  - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, 1][t] + kpoff*S[ 1, -1, -1][t] + kpoff*S[1, -1, 0][t] +  kpoff*S[1, -1, 1][t] + kpoff*S[1, 0, -1][t]  + kpoff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[1, 0,  1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1,  1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff* S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, 2, 0][t] +  kpoff*S[1, 2, 1][t]
K[1, 2] 0 (K[1, 2])'[t] == -(a10*MAPKP[t]*K[1, 2][t]) +  k9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + d10*K_MAPKP[1, 2][t]  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[ 1, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,  -1, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, -1][t]  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1,  2][t]*S[-1, 0, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,  1, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 0][t]  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[1,  2][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,  2, 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, 1][t]  + kpoff*S[2, -1, -1][t] + kpoff*S[2, -1,  0][t] + kpoff*S[2, -1, 1][t] + kpoff*S[2,  0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, 0][t] +  kpoff*S[2, 0, 1][t] + kpoff*S[2, 1, -1][t]  + kpoff*S[2, 1, 0][t] + kpoff*S[2, 1,  1][t] + kpoff*S[2, 2, -1][t] + kpoff*S[2,  2, 0][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t]
K[2, 0] 0.2 (K[2, 0])'[t] == -(a3*K[2, 0][t]*K[3, 1][t]) +  d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] + k4*K_MEKP[2, 1][t]  - kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*K[2,  0][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[-1,  -1, 1][t] + koff*S[-1, 0, -1][t] +  koff*S[-1, 0, 0][t] + koff*S[-1, 0, 1][t]  - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kon*K[2,  0][t]*S[0, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[0, - 1, 1][t] + koff*S[0, 0, -1][t] + koff*S[0,  0, 0][t] + koff*S[0, 0, 1][t] - kon*K[ 2, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1,  -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 1][t]  + koff*S[1, 0, -1][t] + koff*S[1, 0, 0] [t] + koff*S[1, 0, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[ 2, -1, -1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 0][t]  - kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2,  0, -1][t] + koff*S[2, 0, 0][t] + koff* S[2, 0, 1][t]
K[2, 1] 0 (K[2, 1])'[t] == -(a4*MEKP[t]*K[2, 1][t]) -  a5*K[2, 1][t]*K[3, 1][t] + k3*K_K[2, 0, 3,  1][t] + d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] + d4* K_MEKP[2, 1][t] + k6*K_MEKP[2, 2][t] - kpon*K[2,  1][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, 1][t]  + kpoff*S[-1, 1, -1][t] + kpoff*S[-1, 1,  0][t] + kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[2,  1][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 1][t]  + kpoff*S[0, 1, -1][t] + kpoff*S[0, 1,  0][t] + kpoff*S[0, 1, 1][t] - kpon*K[2,  1][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t]  + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 1,  0][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] - kpon*K[2,  1][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t]  + kpoff*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 1,  0][t] + kpoff*S[2, 1, 1][t]
K[2, 2] 0 (K[2, 2])'[t] == -(a6*MEKP[t]*K[2, 2][t]) -  a7*K[1, 0][t]*K[2, 2][t] - a9*K[1, 1][t]*K[2,  2][t] + d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] + k7*K_K[ 1, 0, 2, 2][t] + d9*K_K[1, 1, 2, 2][t]  + k9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + k5*K_K[2, 1,  3, 1][t] + d6*K_MEKP[2, 2][t] - kpon*K[2,  2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, 1][t]  + kpoff*S[-1, 2, -1][t] + kpoff*S[-1, 2,  0][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[2,  2][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 1][t]  + kpoff*S[0, 2, -1][t] + kpoff*S[0, 2,  0][t] + kpoff*S[0, 2, 1][t] - kpon*K[2,  2][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 1][t]  + kpoff*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, 2,  0][t] + kpoff*S[1, 2, 1][t] - kpon*K[2,  2][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 1][t]  + kpoff*S[2, 2, -1][t] + kpoff*S[2, 2,  0][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t]
K[3, 0] 0.3 (K[3, 0])'[t] == -(a1*RAFK[t]*K[3, 0][t]) +  d1*K_RAFK[3, 0][t] + k2*K_RAFP[3, 1][t] -  kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] + koff*S[-1,  -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t]  + koff*S[-1, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1,  1, -1][t] + koff*S[-1, 1, 0][t] - kon* K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[-1, 2, 0] [t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] + koff* S[0, -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, 0, -1][ t] + koff*S[0, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0,  1, -1][t] + koff*S[0, 1, 0][t] - kon*K[ 3, 0][t]*S[0, 2, -1][t] + koff*S[0, 2, 0][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] + koff*S[1,  -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t]  + koff*S[1, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1,  1, -1][t] + koff*S[1, 1, 0][t] - kon*K[ 3, 0][t]*S[1, 2, -1][t] + koff*S[1, 2, 0][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] + koff*S[2,  -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t]  + koff*S[2, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2,  1, -1][t] + koff*S[2, 1, 0][t] - kon*K[ 3, 0][t]*S[2, 2, -1][t] + koff*S[2, 2, 0][t]
K[3, 1] 0 (K[3, 1])'[t] == -(a2*RAFP[t]*K[3, 1][t]) -  a3*K[2, 0][t]*K[3, 1][t] - a5*K[2, 1][t]*K[3,  1][t] + d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] + k3*K_K[ 2, 0, 3, 1][t] + d5*K_K[2, 1, 3, 1][t]  + k5*K_K[2, 1, 3, 1][t] + k1*K_RAFK[3,  0][t] + d2*K_RAFP[3, 1][t] - kpon*K[3, 1][t] *S[-1, -1, -1][t] + kpoff*S[-1, -1, 1][t] -  kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] + kpoff*S[-1,  0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 1, -1][t]  + kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[- 1, 2, -1][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] -  kpon*K[3, 1][t]*S[0, -1, -1][t] + kpoff*S[0,  -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t]  + kpoff*S[0, 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0,  1, -1][t] + kpoff*S[0, 1, 1][t] - kpon* K[3, 1][t]*S[0, 2, -1][t] + kpoff*S[0, 2, 1][ t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, -1, -1][t] + kpoff* S[1, -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 0, -1][ t] + kpoff*S[1, 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[ 1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] -  kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1,  2, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, -1, -1][t]  + kpoff*S[2, -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[ 2, 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, 1][t] -  kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2,  1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, 2, -1][t]  + kpoff*S[2, 2, 1][t]
K_K[1, 0, 2, 2] 0 (K_K[1, 0, 2, 2])'[t] == a7*K[1, 0][t]*K[2,  2][t] - d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] - k7*K_K[ 1, 0, 2, 2][t]
K_K[1, 1, 2, 2] 0 (K_K[1, 1, 2, 2])'[t] == a9*K[1, 1][t]*K[2,  2][t] - d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] - k9*K_K[ 1, 1, 2, 2][t]
K_K[2, 0, 3, 1] 0 (K_K[2, 0, 3, 1])'[t] == a3*K[2, 0][t]*K[3,  1][t] - d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] - k3*K_K[ 2, 0, 3, 1][t]
K_K[2, 1, 3, 1] 0 (K_K[2, 1, 3, 1])'[t] == a5*K[2, 1][t]*K[3,  1][t] - d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] - k5*K_K[ 2, 1, 3, 1][t]
K_MAPKP[1, 1] 0 (K_MAPKP[1, 1])'[t] == a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t] -  d8*K_MAPKP[1, 1][t] - k8*K_MAPKP[1, 1][t]
K_MAPKP[1, 2] 0 (K_MAPKP[1, 2])'[t] == a10*MAPKP[t]*K[1, 2][t] -  d10*K_MAPKP[1, 2][t] - k10*K_MAPKP[1, 2][t]
K_MEKP[2, 1] 0 (K_MEKP[2, 1])'[t] == a4*MEKP[t]*K[2, 1][t] -  d4*K_MEKP[2, 1][t] - k4*K_MEKP[2, 1][t]
K_MEKP[2, 2] 0 (K_MEKP[2, 2])'[t] == a6*MEKP[t]*K[2, 2][t] -  d6*K_MEKP[2, 2][t] - k6*K_MEKP[2, 2][t]
K_RAFK[3, 0] 0 (K_RAFK[3, 0])'[t] == a1*RAFK[t]*K[3, 0][t] -  d1*K_RAFK[3, 0][t] - k1*K_RAFK[3, 0][t]
K_RAFP[3, 1] 0 (K_RAFP[3, 1])'[t] == a2*RAFP[t]*K[3, 1][t] -  d2*K_RAFP[3, 1][t] - k2*K_RAFP[3, 1][t]
S[-1, -1, -1] 0.1 (S[-1, -1, -1])'[t] == -(kon*K[1, 0][t]*S[-1,  -1, -1][t]) - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, -1][ t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon* K[2, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[- 1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, -1] [t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon* K[3, 1][t]*S[-1, -1, -1][t] + koff*S[-1, -1,  0][t] + kpoff*S[-1, -1, 1][t] + koff*S[-1,  0, -1][t] + kpoff*S[-1, 1, -1][t] +  kpoff*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[0, -1, -1][t]  + kpoff*S[1, -1, -1][t] + kpoff*S[2, -1,  -1][t]
S[-1, -1, 0] 0 (S[-1, -1, 0])'[t] == kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1,  -1][t] - koff*S[-1, -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]* S[-1, -1, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, 0] [t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, 0][t] - kpon* K[1, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[-1,  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, 0][t]  - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] + koff*S[- 1, 0, 0][t] + kpoff*S[-1, 1, 0][t] +  kpoff*S[-1, 2, 0][t] + koff*S[0, -1, 0][t]  + kpoff*S[1, -1, 0][t] + kpoff*S[2, -1,  0][t] + d1a*S_RAFK[-1, -1, 0][t]
S[-1, -1, 1] 0 (S[-1, -1, 1])'[t] == kpon*K[3, 1][t]*S[-1, - 1, -1][t] - kpoff*S[-1, -1, 1][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  -1, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, 1][t]  - kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[2,  1][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1,  -1, 1][t] + koff*S[-1, 0, 1][t] +  kpoff*S[-1, 1, 1][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t]  + koff*S[0, -1, 1][t] + kpoff*S[1, -1,  1][t] + kpoff*S[2, -1, 1][t] + k1*S_RAFK[-1,  -1, 0][t]
S[-1, 0, -1] 0 (S[-1, 0, -1])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1,  -1][t] - koff*S[-1, 0, -1][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  0, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[-1, 0, -1][t] + koff*S[-1, 0, 0][t]  + kpoff*S[-1, 0, 1][t] + koff*S[0, 0, - 1][t] + kpoff*S[1, 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0,  -1][t]
S[-1, 0, 0] 0 (S[-1, 0, 0])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1,  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] -  2*koff*S[-1, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 0,  0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, 0][t] -  kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1,  2][t]*S[-1, 0, 0][t] + koff*S[0, 0, 0][t]  + kpoff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[2, 0,  0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t]
S[-1, 0, 1] 0 (S[-1, 0, 1])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1,  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] -  k3*S[-1, 0, 1][t] - koff*S[-1, 0, 1][t]  - kpoff*S[-1, 0, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[- 1, 0, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, 1][t]  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, 1][t] + koff*S[0,  0, 1][t] + kpoff*S[1, 0, 1][t] + kpoff* S[2, 0, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, 0, 0][t]
S[-1, 1, -1] 0 (S[-1, 1, -1])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, - 1, -1][t] - kpoff*S[-1, 1, -1][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, 1, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  1, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 1, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[-1, 1, -1][t] + koff*S[-1, 1, 0][t]  + kpoff*S[-1, 1, 1][t] + koff*S[0, 1, - 1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 1,  -1][t]
S[-1, 1, 0] 0 (S[-1, 1, 0])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1,  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 1, -1][t] -  koff*S[-1, 1, 0][t] - kpoff*S[-1, 1, 0][t]  - k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, 0][t] - kon*K[1, 0][ t]*S[-1, 1, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,  0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 0][t] +  koff*S[0, 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 0][t]  + kpoff*S[2, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 1,  0][t]
S[-1, 1, 1] 0 (S[-1, 1, 1])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1,  1][t] + k3*S[-1, 0, 1][t] + kpon*K[3,  1][t]*S[-1, 1, -1][t] - k5a*S[-1, 1, 1][t]  - 2*kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[ -1, 1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, 1][t]  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 1][t] + koff*S[0,  1, 1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff* S[2, 1, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, 1, 0][t]
S[-1, 2, -1] 0 (S[-1, 2, -1])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, - 1, -1][t] - kpoff*S[-1, 2, -1][t] - kon*K[1,  0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,  2, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[-1, 2, 0][t]  + kpoff*S[-1, 2, 1][t] + koff*S[0, 2, - 1][t] + kpoff*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[2, 2,  -1][t]
S[-1, 2, 0] 0 (S[-1, 2, 0])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1,  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] -  koff*S[-1, 2, 0][t] - kpoff*S[-1, 2, 0][t]  - k1a*RAFK[t]*S[-1, 2, 0][t] - kon*K[1, 0][ t]*S[-1, 2, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,  0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, 0][t] +  koff*S[0, 2, 0][t] + kpoff*S[1, 2, 0][t]  + kpoff*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 2,  0][t]
S[-1, 2, 1] 0 (S[-1, 2, 1])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1,  1][t] + k5a*S[-1, 1, 1][t] + kpon*K[3,  1][t]*S[-1, 2, -1][t] - 2*kpoff*S[-1, 2, 1][ t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[ 1, 1][t]*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,  2, 1][t] + koff*S[0, 2, 1][t] + kpoff* S[1, 2, 1][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t] +  k1*S_RAFK[-1, 2, 0][t]
S[0, -1, -1] 0 (S[0, -1, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1,  -1][t] - koff*S[0, -1, -1][t] - kon*K[2,  0][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0,  -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[0, -1, -1][t] + koff*S[0, -1, 0][t]  + kpoff*S[0, -1, 1][t] + koff*S[0, 0, - 1][t] + kpoff*S[0, 1, -1][t] + kpoff*S[0, 2,  -1][t]
S[0, -1, 0] 0 (S[0, -1, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1,  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] -  2*koff*S[0, -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, -1,  0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 0][t] -  kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 0][t] - kpon*K[2,  2][t]*S[0, -1, 0][t] + koff*S[0, 0, 0][t]  + kpoff*S[0, 1, 0][t] + kpoff*S[0, 2,  0][t] + d1a*S_RAFK[0, -1, 0][t]
S[0, -1, 1] 0 (S[0, -1, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1,  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, -1, -1][t] -  koff*S[0, -1, 1][t] - kpoff*S[0, -1, 1][t]  - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 1][t] - kpon*K[2,  1][t]*S[0, -1, 1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0,  -1, 1][t] + koff*S[0, 0, 1][t] + kpoff* S[0, 1, 1][t] + kpoff*S[0, 2, 1][t] +  k1*S_RAFK[0, -1, 0][t]
S[0, 0, -1] 0 (S[0, 0, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0,  -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, -1][t] -  2*koff*S[0, 0, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0,  0, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t]  + koff*S[0, 0, 0][t] + kpoff*S[0, 0, 1] [t]
S[0, 0, 0] 0 (S[0, 0, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0,  0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[0, 0, -1][t] - 3*koff*S[0,  0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 0, 0][t] +  d1a*S_RAFK[0, 0, 0][t]
S[0, 0, 1] 0 (S[0, 0, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0,  1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 1][t] +  kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t] - k3*S[0, 0,  1][t] - 2*koff*S[0, 0, 1][t] - kpoff*S[0,  0, 1][t] + k1*S_RAFK[0, 0, 0][t]
S[0, 1, -1] 0 (S[0, 1, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1,  -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, -1][t] -  koff*S[0, 1, -1][t] - kpoff*S[0, 1, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[0, 1, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[0, 1, -1][t] + koff*S[0, 1, 0][t]  + kpoff*S[0, 1, 1][t]
S[0, 1, 0] 0 (S[0, 1, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1,  0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[0, 1, -1][t] - 2*koff*S[0,  1, 0][t] - kpoff*S[0, 1, 0][t] - k1a* RAFK[t]*S[0, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t]
S[0, 1, 1] 0 (S[0, 1, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1,  1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 1][t] +  k3*S[0, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, 1,  -1][t] - k5a*S[0, 1, 1][t] - koff*S[0,  1, 1][t] - 2*kpoff*S[0, 1, 1][t] + k1* S_RAFK[0, 1, 0][t]
S[0, 2, -1] 0 (S[0, 2, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2,  -1][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, -1][t] -  k7*S[0, 2, -1][t] - koff*S[0, 2, -1][t]  - kpoff*S[0, 2, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0,  2, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 2, -1][t]  + koff*S[0, 2, 0][t] + kpoff*S[0, 2, 1] [t]
S[0, 2, 0] 0 (S[0, 2, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2,  0][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[0, 2, -1][t] - k7*S[0, 2,  0][t] - 2*koff*S[0, 2, 0][t] - kpoff*S[0,  2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 2, 0][t] +  d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t]
S[0, 2, 1] 0 (S[0, 2, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2,  1][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 1][t] +  k5a*S[0, 1, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, 2,  -1][t] - k7*S[0, 2, 1][t] - koff*S[0,  2, 1][t] - 2*kpoff*S[0, 2, 1][t] + k1* S_RAFK[0, 2, 0][t]
S[1, -1, -1] 0 (S[1, -1, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, - 1, -1][t] - kpoff*S[1, -1, -1][t] - kon*K[2,  0][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1,  -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[1, -1, -1][t] + koff*S[1, -1, 0][t]  + kpoff*S[1, -1, 1][t] + koff*S[1, 0, - 1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 2,  -1][t]
S[1, -1, 0] 0 (S[1, -1, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1,  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] -  koff*S[1, -1, 0][t] - kpoff*S[1, -1, 0][t]  - k1a*RAFK[t]*S[1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][ t]*S[1, -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1,  0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 0][t] +  koff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 0][t]  + kpoff*S[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, -1,  0][t]
S[1, -1, 1] 0 (S[1, -1, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1,  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[1, -1, -1][t] -  2*kpoff*S[1, -1, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1,  -1, 1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t]  - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 1][t] + koff*S[1,  0, 1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff* S[1, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[1, -1, 0][t]
S[1, 0, -1] 0 (S[1, 0, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0,  -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, -1][t] -  koff*S[1, 0, -1][t] - kpoff*S[1, 0, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[1, 0, -1][t] + koff*S[1, 0, 0][t]  + kpoff*S[1, 0, 1][t]
S[1, 0, 0] 0 (S[1, 0, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0,  0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] - 2*koff*S[1,  0, 0][t] - kpoff*S[1, 0, 0][t] - k1a* RAFK[t]*S[1, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t]
S[1, 0, 1] 0 (S[1, 0, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0,  1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 1][t] +  kpon*K[3, 1][t]*S[1, 0, -1][t] - k3*S[1, 0,  1][t] - koff*S[1, 0, 1][t] - 2*kpoff*S[1,  0, 1][t] + k1*S_RAFK[1, 0, 0][t]
S[1, 1, -1] 0 (S[1, 1, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,  -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, -1][t] -  2*kpoff*S[1, 1, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1,  1, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 1, -1][t]  + koff*S[1, 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1] [t]
S[1, 1, 0] 0 (S[1, 1, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,  0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[1, 1, -1][t] - koff*S[1, 1,  0][t] - 2*kpoff*S[1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]* S[1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 1, 0][t]
S[1, 1, 1] 0 (S[1, 1, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,  1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t] +  k3*S[1, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[1, 1,  -1][t] - k5a*S[1, 1, 1][t] - 3*kpoff*S[1,  1, 1][t] + k1*S_RAFK[1, 1, 0][t]
S[1, 2, -1] 0 (S[1, 2, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,  -1][t] + k7*S[0, 2, -1][t] + kpon*K[2,  2][t]*S[1, -1, -1][t] - k9a*S[1, 2, -1][t]  - 2*kpoff*S[1, 2, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[ 1, 2, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t]  + koff*S[1, 2, 0][t] + kpoff*S[1, 2, 1] [t]
S[1, 2, 0] 0 (S[1, 2, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,  0][t] + k7*S[0, 2, 0][t] + kpon*K[2, 2] [t]*S[1, -1, 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[1, 2, - 1][t] - k9a*S[1, 2, 0][t] - koff*S[1, 2,  0][t] - 2*kpoff*S[1, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]* S[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 2, 0][t]
S[1, 2, 1] 0 (S[1, 2, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,  1][t] + k7*S[0, 2, 1][t] + kpon*K[2, 2] [t]*S[1, -1, 1][t] + k5a*S[1, 1, 1][t] +  kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] - k9a*S[1, 2,  1][t] - 3*kpoff*S[1, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[1,  2, 0][t]
S[2, -1, -1] 0 (S[2, -1, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, - 1, -1][t] - kpoff*S[2, -1, -1][t] - kon*K[2,  0][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2,  -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[2, -1, -1][t] + koff*S[2, -1, 0][t]  + kpoff*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2, 0, - 1][t] + kpoff*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 2,  -1][t]
S[2, -1, 0] 0 (S[2, -1, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1,  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] -  koff*S[2, -1, 0][t] - kpoff*S[2, -1, 0][t]  - k1a*RAFK[t]*S[2, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][ t]*S[2, -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1,  0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 0][t] +  koff*S[2, 0, 0][t] + kpoff*S[2, 1, 0][t]  + kpoff*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, -1,  0][t]
S[2, -1, 1] 0 (S[2, -1, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1,  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[2, -1, -1][t] -  2*kpoff*S[2, -1, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[2,  -1, 1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t]  - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2,  0, 1][t] + kpoff*S[2, 1, 1][t] + kpoff* S[2, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[2, -1, 0][t]
S[2, 0, -1] 0 (S[2, 0, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0,  -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, -1][t] -  koff*S[2, 0, -1][t] - kpoff*S[2, 0, -1][t]  - kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] - kpon*K[3,  1][t]*S[2, 0, -1][t] + koff*S[2, 0, 0][t]  + kpoff*S[2, 0, 1][t]
S[2, 0, 0] 0 (S[2, 0, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0,  0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] - 2*koff*S[2,  0, 0][t] - kpoff*S[2, 0, 0][t] - k1a* RAFK[t]*S[2, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t]
S[2, 0, 1] 0 (S[2, 0, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0,  1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 1][t] +  kpon*K[3, 1][t]*S[2, 0, -1][t] - k3*S[2, 0,  1][t] - koff*S[2, 0, 1][t] - 2*kpoff*S[2,  0, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 0, 0][t]
S[2, 1, -1] 0 (S[2, 1, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1,  -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, -1][t] -  2*kpoff*S[2, 1, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2,  1, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, -1][t]  + koff*S[2, 1, 0][t] + kpoff*S[2, 1, 1] [t]
S[2, 1, 0] 0 (S[2, 1, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1,  0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 0][t] +  kon*K[3, 0][t]*S[2, 1, -1][t] - koff*S[2, 1,  0][t] - 2*kpoff*S[2, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]* S[2, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t]
S[2, 1, 1] 0 (S[2, 1, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1,  1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t] +  k3*S[2, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1,  -1][t] - k5a*S[2, 1, 1][t] - 3*kpoff*S[2,  1, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 1, 0][t]
S[2, 2, -1] 0 (S[2, 2, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2,  -1][t] + k9a*S[1, 2, -1][t] + kpon*K[2,  2][t]*S[2, -1, -1][t] - 2*kpoff*S[2, 2, -1][ t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, 2, -1][t] - kpon*K[ 3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] + koff*S[2, 2, 0][t]  + kpoff*S[2, 2, 1][t]
S[2, 2, 0] 0 (S[2, 2, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2,  0][t] + k9a*S[1, 2, 0][t] + kpon*K[2,  2][t]*S[2, -1, 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[2,  2, -1][t] - koff*S[2, 2, 0][t] - 2* kpoff*S[2, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, 2, 0][t]  + d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t]
S[2, 2, 1] 0 (S[2, 2, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2,  1][t] + k9a*S[1, 2, 1][t] + kpon*K[2,  2][t]*S[2, -1, 1][t] + k5a*S[2, 1, 1][t]  + kpon*K[3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] - 3*kpoff* S[2, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 2, 0][t]
S_RAFK[-1, -1, 0] 0 (S_RAFK[-1, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, -1,  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, -1, 0][t] - k1* S_RAFK[-1, -1, 0][t]
S_RAFK[-1, 0, 0] 0 (S_RAFK[-1, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 0,  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[ -1, 0, 0][t]
S_RAFK[-1, 1, 0] 0 (S_RAFK[-1, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 1,  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[ -1, 1, 0][t]
S_RAFK[-1, 2, 0] 0 (S_RAFK[-1, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 2,  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[ -1, 2, 0][t]
S_RAFK[0, -1, 0] 0 (S_RAFK[0, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, -1,  0][t] - d1a*S_RAFK[0, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[ 0, -1, 0][t]
S_RAFK[0, 0, 0] 0 (S_RAFK[0, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, 0,  0][t] - d1a*S_RAFK[0, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[ 0, 0, 0][t]
S_RAFK[0, 1, 0] 0 (S_RAFK[0, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, 1,  0][t] - d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[ 0, 1, 0][t]
S_RAFK[0, 2, 0] 0 (S_RAFK[0, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, 2,  0][t] - d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[ 0, 2, 0][t]
S_RAFK[1, -1, 0] 0 (S_RAFK[1, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, -1,  0][t] - d1a*S_RAFK[1, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[ 1, -1, 0][t]
S_RAFK[1, 0, 0] 0 (S_RAFK[1, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, 0,  0][t] - d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[ 1, 0, 0][t]
S_RAFK[1, 1, 0] 0 (S_RAFK[1, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, 1,  0][t] - d1a*S_RAFK[1, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[ 1, 1, 0][t]
S_RAFK[1, 2, 0] 0 (S_RAFK[1, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, 2,  0][t] - d1a*S_RAFK[1, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[ 1, 2, 0][t]
S_RAFK[2, -1, 0] 0 (S_RAFK[2, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, -1,  0][t] - d1a*S_RAFK[2, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[ 2, -1, 0][t]
S_RAFK[2, 0, 0] 0 (S_RAFK[2, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 0,  0][t] - d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[ 2, 0, 0][t]
S_RAFK[2, 1, 0] 0 (S_RAFK[2, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 1,  0][t] - d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[ 2, 1, 0][t]
S_RAFK[2, 2, 0] 0 (S_RAFK[2, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 2,  0][t] - d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[ 2, 2, 0][t]

Generated by Cellerator Version 1.0 update 2.1203 using Mathematica 4.2 for Mac OS X (June 4, 2002), December 4, 2002 15:06:10, using (PowerMac,PowerPC,Mac OS X,MacOSX,Darwin)

author=B.E.Shapiro

Format
SBML (L2V1)
Related Publication
  • Scaffold proteins may biphasically affect the levels of mitogen-activated protein kinase signaling and reduce its threshold properties.
  • Levchenko A, Bruck J, Sternberg PW
  • Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , 5/ 2000 , Volume 97 , pages: 5818-5823
  • Division of Engineering and Applied Science and Division of Biology and Howard Hughes Medical Institute, California Institute of Technology, Pasadena, CA 91125, USA. andre@paradise.caltech.edu
  • In addition to preventing crosstalk among related signaling pathways, scaffold proteins might facilitate signal transduction by preforming multimolecular complexes that can be rapidly activated by incoming signal. In many cases, such as mitogen-activated protein kinase (MAPK) cascades, scaffold proteins are necessary for full activation of a signaling pathway. To date, however, no detailed biochemical model of scaffold action has been suggested. Here we describe a quantitative computer model of MAPK cascade with a generic scaffold protein. Analysis of this model reveals that formation of scaffold-kinase complexes can be used effectively to regulate the specificity, efficiency, and amplitude of signal propagation. In particular, for any generic scaffold there exists a concentration value optimal for signal amplitude. The location of the optimum is determined by the concentrations of the kinases rather than their binding constants and in this way is scaffold independent. This effect and the alteration of threshold properties of the signal propagation at high scaffold concentrations might alter local signaling properties at different subcellular compartments. Different scaffold levels and types might then confer specialized properties to tune evolutionarily conserved signaling modules to specific cellular contexts.
Contributors
Nicolas Le Novère

Metadata information

is
BioModels Database MODEL6616691524
BioModels Database BIOMD0000000014
isDerivedFrom
BioModels Database BIOMD0000000011
isDescribedBy
PubMed 10823939
hasTaxon
Taxonomy Xenopus laevis
isVersionOf
Gene Ontology MAP-kinase scaffold activity
Gene Ontology MAPK cascade
isHomologTo
Reactome REACT_634
Curation status
Curated
  • Model originally submitted by : Nicolas Le Novère
  • Submitted: 13-Sep-2005 14:07:14
  • Last Modified: 03-Jun-2014 15:35:00
Revisions
  • Version: 2 public model Download this version
    • Submitted on: 03-Jun-2014 15:35:00
    • Submitted by: Nicolas Le Novère
    • With comment: Current version of Levchenko2000_MAPK_Scaffold
  • Version: 1 public model Download this version
    • Submitted on: 13-Sep-2005 14:07:14
    • Submitted by: Nicolas Le Novère
    • With comment: Original import of Levchenko2000_MAPK_Scaffold